Het hoofdgedeelte is een kruisingsstation met op maaiveldniveau de Oude Lijn Amsterdam – Haarlem (één perron met twee sporen: 7 en 8) en de spoorlijn Amsterdam – Den Helder (twee perrons met elk twee sporen: 3 en 4, en 5 en 6), op de eerste verdieping de stationshal, en op de tweede verdieping de spoorlijn Amsterdam – Schiphol (één perron met twee sporen, 11 en 12). Het nieuwste deel met één perron met spoornummers 9 en 10 ligt aan de Hemboog die beide lijnen verbindt. Het is een gescheiden gedeelte met een aparte ingang aan hetzelfde stationsplein.

Onder de naam Station Sloterdijk is het ook een metrostation van metrolijn 50 (Isolatorweg – Gein). De sporen lopen parallel aan de spoorlijn naar Schiphol. Het metrostation is via een traverse verbonden met de stationshal in het hoofdgedeelte van het treinstation.

Station Sloterdijk vervult een belangrijke functie in het forensenverkeer tussen Amsterdam en Noord-Holland. In de omgeving zijn in het Teleport genoemde gebied vele grote kantoren verrezen en er zijn plannen voor nog meer grootschalige nieuwbouw, een soort kleinere uitvoering van de Zuidas. Per dag stappen ongeveer 36.000 reizigers in of uit. Daarmee is dit het tiende station van Nederland, gemeten naar reizigersaantallen.

De metro heeft een OV-chipkaartgebied. Voor de trein zijn er alleen poortjes bij het Hemboog-gedeelte, verder alleen palen met OV-chipkaartlezers.